Le délai d'instruction du dossier est de 90 jours. Le point de départ de ce délai est celui de la date de réception de la déclaration et du certificat médical initial par la CPAM. En cas de nécessité d'examen ou d'enquête complémentaire, la CPAM doit en informer la victime ou ses ayants droit ainsi que l'employeur avant l'expiration de ce délai. Elle disposera alors d'un nouveau délai de 3 mois pour instruire le dossier.
La notification de la clôture de l'instruction à l'employeur et à la victime doit être faite par lettre recommandée avec accusé de réception. Le délai entre la fin de la procédure d'instruction et la date de décision est, au minimum, de 10 jours francs.